La composizione dei 9 gironi: Girone A: Asti, Bogliasco d’Albertis, Borgosesia, Bra, Chiavari, Chieri, Derthona, Folgore Caratese, Gozzano, Imperia, Lavagnese, Novese, Santhià, Sestri Levante, Tortona, Trezzano, Verbania, Verbano; Girone B: Alzano Cene, Atletico Montichiari, Aurora Seriate, Caravaggio, Caronnese, Castellana Castelgoffredo, Darfo Boario, Fersina Perginese, Lecco, Mapellobonate, Mezzocorona, Olginatese, Pergolettese, Ponte S. Pietro I., Pro Sesto, Sant’Angelo, Seregno, St. Georgen, Trento, Voghera; Girone C: Belluno, Cerea, Clodiense, Delta Porto Tolle, Este, Giorgione, Kras Repen, Legnago, Montebelluna, Pordenone, Real Vicenza, Sacilese, Sambonifacese, San Paolo Padova, Sandonà Jesolo, Sanvitese, Tamai, Trissino Valdagno, Union Quinto, Virtus Vecomp; Girone D: Atl. Pro Piacenza, Bagnolese, Camaiore, Castenaso, Fidenza, Forcoli, Formigine, Fortis Juventus, Lucchese, Massese, Mezzolara, Pistoiese, Riccione, Rosignano Sei Rose, San Miniato Tuttocuoio, Spal, Virtus Castelfranco, Virtus Pavullese; Girone E: Arezzo, Bastia, Casacastalda, Castel Rigone, Deruta, Fiesolecaldine, Flaminia Civitacastellana, Lanciotto, Pianese, Pierantonio, Pontevecchio, Sansepolcro, Scandicci, Sporting Terni, Todi, Trestina, Viterbese, Voluntas Spoleto; Girone F: Amitermina, Ancona, Astrea, Celano Marsica, Città di Marino, Civitanovese, Fidene, Jesina, Maceratese, Olympia Agnonese, Isernia, Recanatese, Renato Curi Angolana, Sambenedettese, San Cesareo, S. Nicolò, Termoli, Vis Pesaro; Girone G: Anziolavinio, Arzachena, Budoni, Casertana, Civitavecchia, Cynthia, Isola Liri, Lupa Frascati, Ostia Mare, Porto Torres, Progetto Calcio S. Elia, Real SM Hyria, San Basilio Palestrina, Sarnese, SEF Torres, Selargius, Sora, Torre Neapolis; Girone H: Battipagliese, Bisceglie, Città di Brindisi, Città di Potenza, CTL Campania, Grottaglie, Foggia, Fortis Trani, Francavilla, Matera, Monospolis, Nardò, Pomigliano, Puteolana Internapoli, Ischia Isolaverde, Sant’Antonio Abate, San Felice Gladiator, Taranto; Girone I: Acireale, Agropoli, Città Messina, Comprensorio Normanno, Licata, Messina, Nissa, Noto, Palazzolo Acreide, Ragusa, Ribera, Comprensorio Montalto, Gelbison Valle della Lucania, Nuova Cosenza, Pro Cavese, Sambiase, Savoia, Vibonese.
La formula della Coppa Italia 2012/2013 è quella consolidata che rende snella e accattivante la corsa alla coccarda tricolore, quindi gara unica dal turno preliminare fino alle semifinali (in caso di parità al termine dei 90’ saranno battuti i calci di rigore). La formula prevede la divisione in due fasi, quella preliminare che precede il primo turno, e quella del tabellone principale a 64 squadre. Il turno preliminare coinvolge ben 94 squadre in 47 partite di sola andata. Nello specifico, 36 neopromosse, 6 retrocesse dalla Seconda Divisione, 17 vincenti i Play Out 2011/2012, 3 squadre ripescate, 3 società inserite in soprannumero (Spal, Foggia e Taranto), 28 club classificatesi alla 12ª , 11ª e 10ª posizione nei gironi C, E, F, G, H e I, al 14ª , 13ª , 12ª e 11ª dei gironi A, B e D. Il primo turno prevede 55 gare così organizzate: 47 vincenti il turno preliminare, 63 società ammesse di diritto tranne le nove società partecipanti alla Tim Cup in organico alla Serie D (Chieri, Ponte S. Pietro Isola, Delta Porto Tolle, Este, Arezzo, Sambenedettese, Città di Marino, Sarnese e Nuova Cosenza). Il tabellone principale sarà poi composto da 64 club così determinati: 55 vincenti il 1^ turno e le nove partecipanti alla Tim Cup 2012/2013. Il calendario prevede la finale organizzata in gara unica il 25 aprile. Queste le date: turno preliminare 19 agosto; 1° turno 26 agosto; trentaduesimi di finale 26 settembre, sedicesimi di finale 17 ottobre, ottavi di finale 21 novembre, quarti di finale 12 dicembre, semifinali 27 febbraio (andata) e 20 marzo (ritorno), finale 25 aprile.
Programma gare turno preliminare 19 agosto (ore 16)
Gara 1: Tamai-Sanvitese; Gara 2: Trento.St. Georgen; Gara 3: Clodiense-Kras Repen; Gara 4: Real Vicenza-Fersina Perginese; Gara 5: Giorgione-Sambonifacese; Gara 6: Union Quinto-Trissino; Gara 7: Darfo Boario-Caravaggio; Gara 8: Trezzano-Sant’Angelo; Gara 9: Verbano-Pro Sesto; Gara 10: Aurora Seriate; Gara 11: Folgore Caratese-Seregno; Gara 12: Asti-Bra; Gara 13: Gozzano-Verbania; Gara 14: Sestri Levante-Bogliasco d’Albertis; Gara 15: SEF Torres-Lecco; Gara 16: Progetto S. Elia-Selargius; Gara 17: Castenaso-Spal; Gara 18: Virtus Pavullese-Formigine; Gara 19: Atl. Pro Piacenza-Bagnolese, Gara 20: Scandicci-Fortis Juventus; Gara 21: Forcoli-Fiesolecaldine; Gara 22: Rosignano Sei Rose-Massese; Gara 23: Camaiore-Lucchese; Gara 24: Vis Pesaro-Riccione; Gara 25: Maceratese-Recanatese; Gara 26: Bastia-Todi; Gara 27: Voluntas Spoleto-Casacastalda; Gara 28: Pontevecchio-Sansepolcro; Gara 29: Renato Curi A.-Amitermina; Gara 30: Ostia Mare-Civitavecchia; Gara 31: San Cesareo-S.Basilio Palestrina; Gara 32: Flaminia C.-Lupa Frascati; Gara 33: Isola Liri-Cynthia; Gara 34: Celano-Sora; Gara 35: Puteolana Internapoli-Savoia; Gara 36: Pro Cavese-Gladiator; Gara 37: Gelbison-Agropoli; Gara 38: Torre Neapolis-S. Antonio Abate; Gara 39: Termoli-Foggia; Gara 40: Bisceglie-Matera; Gara 41: Monospolis-Nardò; Gara 42: Grottaglie-Taranto; Gara 43: Trani-Potenza; Gara 44: Sambiase-Comprensorio Montalto; Gara 45: Città di Messina-Vibonese; Gara 46: Acireale-Nissa; Gara 47: Ragusa-Ribera.
Programma gare primo turno 26 agosto (ore 16)
Gara 48: Sacilese-vincente gara 1; Gara 49: Mezzocorona-vincente gara 2; Gara 50: Pordenone-vincente gara 3; Gara 51: Virtus Vecomp-vincente gara 4; Gara 52: Legnago-Cerea; Gara 53: Belluno-vincente gara 15; Gara 54: SandonàJesolo-Montebelluna; Gara 55: San Paolo Padova-vincente 6; Gara 56: Olginatese-vincente gara 11; Gara 57: vincente gara 9-Caronnese; Gara 58: Pergolettese-vincente gara 10; Gara 59: Voghera-vincente gara 8; Gara 60: Castellana C.-vincente gara 7; Gara 61: Mapellobonate-Alzano Cene; Gara 62: Novese-vincente gara 12; Gara 63: Borgosesia-vincente gara 13; Gara 64: Santhià-Derthona; Gara 65: Tortona-Imperia; Gara 66: Lavagnese-Chiavari; Gara 67: vincente gara 22-vincente gara 14; Gara 68: vincente gara 16-Budoni; Gara 69: vincente gara 15-Porto Torres; Gara 70: Fidenza-vincente gara 19; Gara 71: Virtus Castelfranco-vincente gara 18; Gara 72: Mezzolara-vincente gara 17; Gara 73: Pistoiese-vincente gara 23; Gara 74: vincente gara 20-Lanciotto; Gara 75: San Miniato Tuttocuoio-vincente gara 21; Gara 76: vincente gara 24-Jesina; Gara 77: Ancona-vincente gara 25; Gara 78: Deruta-vincente gara 76; Gara 79: Sporting Terni-vincente gara 27; Gara 80: Trestina-vincente gara 28; Gara 81: Castel Rigone-Pierantonio; Gara 82: Civitanovese-San Nicolò; Gara 83: Pianese-Viterbese; Gara 84: Anziolavinio-vincente gara 30; Gara 85: Astrea-Arzachena; Gara 86: Fidene-vincente gara 34; Gara 87: vincente gara 31-vincenta gara 32; Gara 88: Pomigliano-vincente 35; Gara 89: Ischia I.-CTl Campania; Gara 90: Casertana-vincente 33; Gara 91: vincente gara 37-vincenta gara 36; Gara 92: Battipagliese-vincente gara 38; Gara 93: Isernia-Real Hyria; Gara 94: Olympia Agnonese-vincente gara 29; Gara 95: vincente gara 40-vincente gara 39; Gara 96: Città di Brindisi-vincente gara 41; Gara 97: Francavilla-vincente gara 43; Gara 98: vincente gara 42-vincente gara 44; Gara 99: vincente gara 45-vincente gara 46; Gara 100: Messina-Comprensorio Normanno; Gara 101: Licata-vincente gara 47; Gara 102: Noto-Palazzolo.